엘 그레코의 《세례자 요한과 복음사도 요한》만큼 많은 논란을 불러일으킨 작품은 드물다. 이 그림은 1600년경에 그려졌으며, 학자들은 그 의도된 목적지에 대해 오랫동안 고민해왔다. 위임 기록이 남아 있지 않고, 작품의 원래 맥락은 불확실하다.

두 성인이 함께 등장하는 것은 드물기 때문에, 잃어버린 제단화의 일부였을 것이라는 주장이 있다. 다른 사람들은 특정한 건축적 환경을 암시하는 인상적인 수직 형식에 주목한다. 그의 주요 작품들과는 달리, 이 작품에는 알려진 준비 드로잉이나 문서화된 버전이 없기 때문에, 그 수수께끼는 더욱 깊어진다. 장면은 영적인 반성의 긴장감 넘치는 순간에서 펼쳐진다.

왼쪽에는 세례자 요한이 낙타 가죽을 입고, 가볍게 잡고 있는 갈대 십자가를 들고 하늘을 바라보며, 한때 그를 광야로 부른 신의 목소리를 듣고 있는 듯하다. 반대편에는 복음사도 요한이 젊고 사색적인 모습으로 성배에 손을 얹고 있다. 이는 그의 신앙과 그가 겪어야 할 시련의 상징이다.

배경은 엘 그레코의 특징적인 색의 소용돌이로 녹아들고, 인물들은 길어지고 초현실적인 느낌을 준다. 카라바조의 근육질이고 지구적인 성인들과는 달리, 엘 그레코의 요한들은 두 세계 사이에 떠 있는 듯하며, 그들의 제스처와 시선은 관객을 신앙과 운명에 대한 조용한 대화로 끌어들인다. 이 그림의 초기 역사는 불분명하며, 엘 그레코의 후기 톨레도 시대의 많은 작품들과 마찬가지로 전형적이다. 첫 번째 소유자는 알려져 있지 않지만, 스페인에 남아 조용히 개인의 손을 거쳐 19세기에 드러날 때까지 엘 그레코의 명성을 재평가하기 시작한 수집가와 학자들의 눈에 띄지 않았다.

오늘날 《세례자 요한과 복음사도 요한》은 예술가의 성숙한 스타일을 증명하는 작품으로 남아 있다: 비전이 있고, 독창적이며, 깊은 영성을 지닌. 현재 프라도 미술관에 있는 이 작품은 방문객들이 그 신비와 17세기 초 스페인 회화의 넓은 흐름 속에서의 위치를 숙고할 수 있게 해준다.