Dans les dernières années du XVe siècle, Sandro Botticelli a tourné son attention vers le drame des dernières heures du Christ, produisant Agonie dans le Jardin en 1499, un sujet rare pour le maître florentin, plus connu pour ses scènes mythologiques. Cette œuvre se distingue comme l'une des dernières peintures religieuses de Botticelli avant les profonds changements du début du XVIe siècle, et elle a suscité des débats parmi les chercheurs qui notent son ton inhabituellement sombre par rapport à son style antérieur, plus décoratif. La date de la peinture la place après la chute de Savonarola, une période de crise spirituelle à Florence qui a profondément influencé la vision et l'art de Botticelli.

Ici, le tourment personnel de l'artiste semble résonner avec l'angoisse de son sujet. Au cœur de la scène, le Christ s'agenouille en prière sur le Mont des Oliviers, les mains jointes et les yeux levés vers un ange qui apparaît au-dessus, offrant un calice, symbole de la souffrance à venir. Les trois apôtres, Pierre, Jacques et Jean, sont endormis au premier plan, leurs postures lourdes d'épuisement et d'oubli, tandis que l'obscurité s'accumule autour d'eux. L'utilisation par Botticelli de contours nets et d'une palette froide et argentée accentue le sentiment d'isolement : le Christ est mis à part, sa figure lumineuse contraste fortement avec la terre ombragée.

Contrairement à la version de Giovanni Bellini du même sujet, qui baigne la scène dans une douce lumière vénitienne, l'approche de Botticelli est plus austère, soulignant le poids psychologique du moment plutôt que son cadre physique. Les origines précises de Agonie dans le Jardin restent incertaines, car l'identité de son commanditaire original et sa destination prévue se sont perdues dans le temps. Certains suggèrent qu'elle a été commandée pour une dévotion privée, reflétant le goût florentin de la fin du Quattrocento pour des œuvres intimes et contemplatives. Au fil des siècles, l'attribution de la peinture a parfois été remise en question, mais l'analyse stylistique et la comparaison avec les œuvres tardives authentifiées de Botticelli ont confirmé sa main.

Aujourd'hui, la peinture est conservée dans une collection privée et est rarement exposée, en faisant une œuvre moins connue mais significative des dernières années de Botticelli, lorsque son art s'est tourné vers l'intérieur, façonné par le climat spirituel tumultueux de sa ville.