Negli ultimi anni del XV secolo, Sandro Botticelli rivolse la sua attenzione al dramma delle ultime ore di Cristo, producendo Agonia nel Giardino nel 1499, un soggetto raro per il maestro fiorentino, più noto per le sue scene mitologiche. Quest'opera si distingue come uno degli ultimi dipinti religiosi di Botticelli prima dei profondi cambiamenti dell'inizio del XVI secolo e ha suscitato dibattiti tra gli studiosi che notano il suo tono insolitamente cupo rispetto al suo stile precedente, più decorativo. La data del dipinto lo colloca dopo la caduta di Savonarola, un periodo di crisi spirituale a Firenze che ha profondamente influenzato la visione e l'arte di Botticelli.

Qui, il tormento personale dell'artista sembra risuonare con l'angoscia del suo soggetto. Al centro della scena, Cristo si inginocchia in preghiera sul Monte degli Olivi, con le mani giunte e gli occhi rivolti verso un angelo che appare sopra, offrendo un calice, simbolo della sofferenza a venire. I tre apostoli, Pietro, Giacomo e Giovanni, giacciono addormentati in primo piano, le loro posture pesanti di stanchezza e oblio, mentre l'oscurità si accumula attorno a loro. L'uso da parte di Botticelli di contorni netti e di una palette fredda e argentata intensifica il senso di isolamento: Cristo è separato, la sua figura luminosa è un forte contrasto con la terra in ombra.

A differenza della versione di Giovanni Bellini dello stesso soggetto, che bagna la scena in una dolce luce veneziana, l'approccio di Botticelli è più austero, enfatizzando il peso psicologico del momento piuttosto che il suo contesto fisico. Le origini precise di Agonia nel Giardino rimangono incerte, poiché l'identità del suo committente originale e la sua destinazione prevista si sono perse nel tempo. Alcuni suggeriscono che sia stata commissionata per la devozione privata, riflettendo il gusto fiorentino del tardo Quattrocento per opere intime e contemplative. Nel corso dei secoli, l'attribuzione del dipinto è stata occasionalmente messa in discussione, ma l'analisi stilistica e il confronto con le opere tardive autenticate di Botticelli hanno confermato la sua mano.

Oggi, il dipinto è conservato in una collezione privata e viene raramente esposto, rendendolo un'opera meno conosciuta ma significativa degli ultimi anni di Botticelli, quando la sua arte si è rivolta verso l'interno, plasmata dal turbolento clima spirituale della sua città.