В последние годы XV века Сандро Боттичелли обратил свое внимание на драму последних часов Христа, создав в 1499 году Агония в саду — редкую тему для флорентийского мастера, более известного своими мифологическими сценами. Эта работа выделяется как одна из последних религиозных картин Боттичелли перед масштабными изменениями начала XVI века и вызвала споры среди ученых, которые отмечают ее необычно мрачный тон по сравнению с его более декоративным стилем. Дата написания картины ставит ее после падения Савонаролы, в период духовного кризиса во Флоренции, который глубоко повлиял на мировоззрение и искусство Боттичелли.

Здесь личные терзания художника, похоже, перекликаются с муками его сюжета. В центре сцены Христос на коленях молится на Елеонской горе, его руки сложены, а глаза подняты к ангелу, который появляется сверху и предлагает чашу — символ страданий, которые предстоят. Трое апостолов, Петр, Иаков и Иоанн, спят на переднем плане, их позы полны усталости и забвения, в то время как тьма собирается вокруг них. Использование Боттичелли резких контуров и холодной серебристой палитры усиливает чувство изоляции: Христос выделяется, его светящийся образ резко контрастирует с затененной землей.

В отличие от версии Джованни Беллини на ту же тему, которая окутывает сцену мягким венецианским светом, подход Боттичелли более строгий, подчеркивая психологическую тяжесть момента, а не его физическую обстановку. Точные истоки Агонии в саду остаются неясными, так как личность ее первоначального покровителя и предполагаемое место назначения были утеряны во времени. Некоторые предполагают, что она была заказана для частного поклонения, отражая позднекватрочентский флорентийский вкус к интимным, созерцательным произведениям. На протяжении веков атрибуция картины иногда подвергалась сомнению, но стилистический анализ и сравнение с аутентичными поздними работами Боттичелли подтвердили его авторство.

Сегодня картина находится в частной коллекции и редко выставляется, что делает ее менее известным, но значимым произведением последних лет Боттичелли, когда его искусство стало более интроспективным, формируемым бурным духовным климатом его города.