Cristo è appeso crocifisso al centro, con la testa chinata, mentre Dio Padre sostiene la croce e guarda verso l'esterno, circondato da una schiera di volti cherubici e una colomba che fluttua tra di loro. A sinistra, Maria Maddalena sta scalza su un terreno roccioso, con le mani alzate in un intenso gesto di preghiera, i suoi lunghi capelli che cadono sciolti; a destra, Giovanni Battista indica con enfasi verso Cristo, con un'espressione solenne. Sotto, a una scala molto più piccola, l'Arcangelo Raffaele guida Tobia, che porta un pesce, attraverso il primo piano, le loro figure distinte dal gruppo principale sopra.

Commissionato dalla corporazione dei Medici e dei Farmacisti per la chiesa di Santa Elisabetta delle Convertite a Firenze, questo polittico era destinato a una comunità di donne che avevano lasciato vite di prostituzione, con Maria Maddalena come loro santa patrona. Un esame tecnico ha rivelato che Tobia e l'Angelo erano originariamente dipinti in una posizione diversa e successivamente spostati nel loro attuale posto, e che il loro stile differisce dalle figure più grandi sopra, suggerendo mani e periodi di esecuzione diversi. La composizione unisce la Santa Trinità, Maria Maddalena, Giovanni Battista e la storia di Tobia e dell'Angelo, riflettendo le preoccupazioni religiose e sociali di Firenze alla fine del XV secolo e i vari contributi di Botticelli e del suo laboratorio.