Ни одна тема не преследовала Эль Греко так настойчиво, как одиночная агония Христа в Гефсимании; Христос в молитве — это одна из нескольких медитаций, которые художник создал на эту тему, каждая из которых имеет тонкие различия в жестах, свете и настроении. Точная дата и обстоятельства этой версии остаются неопределенными, но ее композиция перекликается с другими работами Эль Греко, написанными в Толедо в конце 16-го и начале 17-го века, что предполагает глубокую личную резонанс. Ученые отмечают, что повторное обращение Эль Греко к этому моменту — Христос один, на коленях, с поднятыми глазами — отмечает отход от многолюдных, нарративных изображений, предпочитаемых в раннем искусстве Ренессанса.

Вместо этого он изолирует фигуру, усиливая психологическую драму. Картина запечатлевает момент, описанный в Евангелиях, когда Христос, предвкушая арест, уходит, чтобы помолиться: «Душа моя скорбит смертельно». Здесь Эль Греко помещает Христа в центр, его удлиненная форма окутана сверхъестественным светом, который, кажется, исходит сверху, в то время как пейзаж за его спиной растворяется в завихряющихся синих и зеленых тонах. Руки, сложенные или открытые в молитве, становятся фокусом, выражая как покорность, так и муку.

В отличие от Андреа Мантеньи и его Агонии в саду, которая заполняет сцену спящими апостолами и приближающимися солдатами, Эль Греко убирает все, кроме самого необходимого: Христа, камень и небеса. В результате получается видение духовной изоляции, где каждый мазок кисти усиливает напряжение между земным и божественным. Путь этой конкретной Христа в молитве не полностью задокументирован, и эта судьба общая для многих меньших религиозных работ Эль Греко. Такие картины часто заказывались частными покровителями в Толедо, предназначенные для личного созерцания, а не для общественных алтарей.

На протяжении веков работы этого типа были разбросаны по Европе и Америке, иногда ошибочно атрибутированы или затенены более крупными, театральными полотнами. Сегодня Христос в молитве признается свидетельством уникального видения Эль Греко в его зрелый период, когда его стиль — отмеченный удлиненными формами и светящимися цветами — выделял его среди его испанских современников и обеспечивал его наследие как художника духовной интенсивности.