Нет двух одинаковых картин Эль Греко на тему Святой Франциск на коленях в медитации, и художник снова и снова возвращался к этой теме на протяжении всей своей карьеры, создав по меньшей мере дюжину известных версий. Это увлечение коленопреклоненным святым — его иссушенное лицо, глаза, устремленные вверх — на протяжении веков озадачивало и интриговало искусствоведов. Некоторые считают, что Эль Греко увидел в Франциске родственную душу, чужака, поглощенного духовным стремлением и видениями.

Повторяющиеся вариации свидетельствуют о том, что этот образ пользовался высоким спросом среди испанских покровителей, которые находили в смирении Франциска образец для своего собственного благочестия. Здесь Эль Греко запечатлел Святого Франциска в момент уединенной молитвы, на коленях на каменистом грунте, крепко сжимающего в руках череп. Одеяние святого, изображенное быстрыми, яркими мазками, кажется, сверкает на фоне темноты, в то время как его лицо освещено таинственным, почти неземным светом. Череп является классическим символом мemento mori, напоминанием о смертности, о чем Франциск размышляет с безмятежной глубиной.

В отличие от драматических, почти театральных изображений Франциска такими художниками, как Сурбаран, видение Эль Греко является внутренним и беспокойным, вытянутая форма святого и закрученные ткани выражают духовное волнение, а не спокойствие. Точные истоки этой конкретной версии остаются неясными — ни ее покровитель, ни первоначальное местоположение надежно не задокументированы. Как и многие картины Эль Греко, она, вероятно, возникла в его плодовитом токийском мастерской в конце XVI или начале XVII века, в то время, когда изображения Святого Франциска особенно ценились в Испании. На протяжении веков версии этой темы проходили через церкви, частные коллекции и музеи, иногда ошибочно атрибутировались или путались с репликами мастерской.

Сегодня Святой Франциск на коленях в медитации является как свидетельством уникального видения Эль Греко, так и постоянной силы францисканской образности в испанском искусстве.