Keine der Gemälde von El Greco von Heiliger Franziskus in Meditation ist genau gleich, und der Künstler kehrte immer wieder zu diesem Thema zurück, wobei er mindestens ein Dutzend bekannte Versionen schuf. Diese Faszination für den knienden Heiligen—sein hageres Gesicht, seine nach oben gerichteten Augen—hat Kunsthistoriker seit Jahrhunderten verwirrt und fasziniert. Einige glauben, dass El Greco in Franziskus einen verwandten Geist sah, einen Außenseiter, der von spiritueller Sehnsucht und visionärer Erfahrung erfüllt war.

Die wiederholten Variationen deuten darauf hin, dass das Bild bei spanischen Mäzenen sehr gefragt war, die in Franziskus' Demut ein Modell für ihre eigene Hingabe fanden. Hier fängt El Greco den Heiligen Franziskus im genau richtigen Moment des einsamen Gebets ein, kniend auf steinigem Boden, die Hände fest um einen Schädel geschlossen. Das Habit des Heiligen, in schnellen, leuchtenden Pinselstrichen dargestellt, scheint gegen die Dunkelheit zu schimmern, während sein Gesicht von einem geheimnisvollen, fast überirdischen Licht erleuchtet wird. Der Schädel ist ein klassisches memento mori, eine Erinnerung an die Sterblichkeit, die Franziskus mit gelassener Intensität betrachtet.

Im Gegensatz zu den dramatischen, fast theatralischen Darstellungen von Franziskus durch Künstler wie Zurbarán ist El Grecos Vision nach innen gerichtet und unruhig, die langgestreckte Form des Heiligen und die wirbelnden Draperien drücken spirituelle Unruhe statt Ruhe aus. Die genauen Ursprünge dieser speziellen Version bleiben ungewiss—weder ihr Mäzen noch ihr ursprünglicher Standort sind sicher dokumentiert. Wie viele von El Grecos Gemälden entstand sie wahrscheinlich in seiner produktiven Werkstatt in Toledo Ende des 16. oder Anfang des 17.

Jahrhunderts, zu einer Zeit, als Bilder von Heiliger Franziskus in Spanien besonders geschätzt wurden. Im Laufe der Jahrhunderte sind Versionen dieses Themas durch Kirchen, private Sammlungen und Museen gewandert, manchmal falsch zugeordnet oder mit Atelier-Repliken verwechselt. Heute steht Heiliger Franziskus in Meditation sowohl als Zeugnis von El Grecos einzigartiger Vision als auch von der anhaltenden Kraft der franziskanischen Bildsprache in der spanischen Kunst.