Когда Эль Греко писал Святого Иоанна Крестителя и Святого Франциска Ассизского около 1600 года, он объединил двух святых, которые никогда не встречались при жизни, но их сочетание было популярной темой в испанском религиозном искусстве того времени. Причина этого необычного сочетания остается предметом обсуждения среди ученых: некоторые предполагают, что это было ответом на акцент Контрреформации на покаяние и духовное обновление, воплощенные в обоих фигурах. Другие указывают на популярность францисканского покровительства в Толедо, где работал Эль Греко.

Хотя существует несколько версий этой композиции, каждая из них раскрывает тонкие различия, намекающие на развивающееся видение художника и требования его покровителей. Картина запечатлевает момент духовного общения, а не нарративной драмы: Святой Иоанн, с растрепанными волосами и одетый в верблюжью шкуру, указывает на Агнца Божьего, его традиционный атрибут, в то время как Святой Франциск, в скромной рясе, смотрит вверх в раздумьях. Яркий свет, почти сверхъестественный, изолирует фигуры на фоне бурного пейзажа, усиливая их ощущение потустороннего присутствия. Удлиненные формы и выразительные руки — это отличительные черты Эль Греко, который отклоняется от более приземленного реализма, скажем, святых Караваджо.

Крест, который держит Иоанн, и стигматы, видимые на руках Франциска, являются не только идентификаторами, но и символами жертвы и искупления, приглашая зрителя в внутреннее видение святых. Точные истоки этой конкретной версии неясны, так как записи о ее раннем владении не сохранились. Однако точно известно, что к началу 17 века такие картины были очень востребованы как испанскими церквями, так и частными коллекционерами, стремившимися к произведениям, вдохновляющим на веру. Эль Греко создал несколько изображений этих святых в своей мастерской в Толедо, каждая из которых отражает его зрелый стиль, отмеченный смелыми цветами, драматическим освещением и духовной интенсивностью.

Сегодня Святой Иоанн Креститель и Святой Франциск Ассизский является свидетельством уникального синтеза Эль Греко венецианского цвета, византийской иконографии и испанского мистицизма, соединяющего как художественные, так и духовные миры.