Lorsque El Greco a peint Saint Jean-Baptiste et Saint François d'Assise vers 1600, il a réuni deux saints qui ne se sont jamais rencontrés de leur vivant, mais dont l'association était un sujet prisé dans l'art dévotionnel espagnol de l'époque. La raison de cette association inhabituelle reste un sujet de débat parmi les chercheurs : certains suggèrent qu'elle était une réponse à l'accent mis par la Contre-Réforme sur la pénitence et le renouveau spirituel, incarnés par les deux figures. D'autres soulignent la popularité du patronage franciscain à Tolède, où El Greco était actif.

Bien que plusieurs versions de cette composition existent, chacune révèle des différences subtiles, laissant entrevoir la vision évolutive de l'artiste et les exigences de ses mécènes. La peinture capture un moment de communion spirituelle plutôt qu'un drame narratif : Saint Jean, aux cheveux ébouriffés et vêtu de peaux de chameau, fait un geste vers l'Agneau de Dieu, son attribut traditionnel, tandis que Saint François, en habit humble, regarde vers le ciel en contemplation. La lumière vive, presque surnaturelle, isole les figures sur un fond orageux, accentuant leur présence d'un autre monde. Les formes allongées et les mains expressives sont des marques de fabrique de El Greco, qui s'écarte du réalisme plus terrestre des saints de, par exemple, Caravaggio.

La croix tenue par Jean et les stigmates visibles sur les mains de François ne sont pas seulement des identifiants, mais des symboles de sacrifice et de rédemption, invitant le spectateur à la vision intérieure des saints. Les origines exactes de cette version particulière ne sont pas claires, car les archives de sa première propriété n'ont pas survécu. Ce qui est certain, c'est qu'au début du XVIIe siècle, des peintures comme celle-ci étaient très recherchées par les églises espagnoles et les collectionneurs privés, désireux d'œuvres inspirant la dévotion. El Greco a peint plusieurs traitements de ces saints dans son atelier de Tolède, chacun reflétant son style mature, marqué par des couleurs audacieuses, un éclairage dramatique et une intensité spirituelle.

Aujourd'hui, Saint Jean-Baptiste et Saint François d'Assise se dresse comme un témoignage de la synthèse unique de El Greco entre la couleur vénitienne, l'iconographie byzantine et le mysticisme espagnol, reliant des mondes à la fois artistiques et spirituels.