Cuando Rafael pintó San Francisco de Asís en 1502, apenas tenía veinte años y aún estaba en las primeras etapas de su carrera, sin embargo, esta pequeña imagen devocional se convirtió en un referente para los debates sobre sus inicios artísticos. Durante siglos, los eruditos han reflexionado sobre sus orígenes y propósito, ya que no sobreviven documentos de encargo y el medio mismo sigue siendo incierto: algunos sugieren óleo, otros temple. La atribución de la pintura a Rafael fue incluso cuestionada en el siglo XIX, cuando los conocedores debatían si una visión tan refinada y suave podría realmente ser obra de una mano tan joven.

Hoy en día, se considera una de las primeras imágenes religiosas independientes que sobreviven del artista, ofreciendo una rara visión de sus años formativos en Urbino y Perugia. El momento que eligió Rafael es uno de revelación tranquila: San Francisco está solo en un paisaje rocoso, con las manos cruzadas sobre el pecho y los ojos levantados hacia el cielo. Las estigmas, heridas que reflejan las de Cristo, son visibles en sus manos, marcando la unión mística del santo con el sufrimiento de Cristo. El simple hábito marrón, la cuerda anudada y los pies descalzos indican la aceptación de la pobreza por parte de Francisco, mientras que la tenue luz dorada que baña su rostro sugiere una presencia divina.

A diferencia de las escenas dramáticas y visionarias pintadas por Giovanni Bellini o El Greco, Rafael opta por la contención y la intimidad, centrándose en la transformación interna del santo en lugar del espectáculo exterior. El entorno escaso y el suave modelado del rostro atraen al espectador a un momento privado de devoción. La historia temprana de San Francisco de Asís está en gran medida no documentada, lo que es típico de las pequeñas obras devocionales de este período, que a menudo se encargaban para capillas privadas o oración personal. Su estilo lo vincula estrechamente con el aprendizaje de Rafael con Pietro Perugino, sin embargo, el suave manejo de la luz y la expresión tierna ya insinúan la individualidad que más tarde definiría la obra madura del artista.

La pintura ha pasado por varias manos a lo largo de los siglos, a veces mal atribuida o eclipsada por grandes retablos, pero hoy se reconoce como una pieza clave para entender el desarrollo temprano de Rafael. Ahora reside en una colección importante, donde continúa invitando a la reflexión sobre la visión del joven artista y el atractivo duradero de la humildad de San Francisco.