Personne ne sait exactement quand ou pour qui La Sainte Famille avec Sainte Anne et l'Enfant Jean-Baptiste a été peinte, mais sa composition a suscité des débats pendant des siècles : plusieurs versions existent, chacune avec des variations subtiles, et les chercheurs se demandent encore laquelle est venue en premier. Cette incertitude est accentuée par le regroupement inhabituel des figures dans la peinture, qui s'écarte des arrangements plus conventionnels que l'on trouve dans les œuvres de la Renaissance antérieures. La présence de Sainte Anne aux côtés de la Vierge et de l'Enfant, avec le jeune Jean-Baptiste, suggère une méditation délibérée sur les générations de la Sainte Famille, un thème qui a fasciné El Greco tout au long de sa carrière. Au cœur de la scène, l'Enfant Jésus tend la main vers son cousin Jean, qui offre un geste doux de bénédiction ou de salutation, tandis que Marie et Sainte Anne regardent avec des expressions d'intense sérénité.

Les figures sont allongées, leurs formes semblent presque vaciller avec mouvement, une caractéristique du style tardif de El Greco. La lumière jaillit d'une source invisible, baignant les visages d'une lueur argentée et projetant des ombres dramatiques qui intensifient le sentiment de drame spirituel. Les drapés tourbillonnants et les mains expressives rappellent l'énergie que l'on trouve dans El Greco’s La Sainte Trinité, mais ici l'intimité familiale est mise en avant, invitant le spectateur à un moment privé d'affection et de prophétie. Les origines de la peinture restent incertaines, tout comme son commanditaire original, mais son style et son sujet la placent fermement dans la période mature de El Greco, probablement peinte à Tolède à la fin du XVIe ou au début du XVIIe siècle.

Au fil des siècles, des versions de cette composition ont été attribuées à la fois au maître et à son atelier, reflétant son attrait durable et les frontières floues entre les œuvres autographes et les répliques de studio dans l'œuvre de El Greco. Aujourd'hui, cette peinture se dresse comme un témoignage de la vision unique de l'artiste : sa capacité à mêler la couleur vénitienne, la forme byzantine et le mysticisme espagnol dans une scène à la fois familière et totalement sienne.