Святой Франциск стоит, как завороженный, его взгляд устремлен к сияющему видению распятого Христа, появляющемуся в вихревых облаках выше, его руки подняты, чтобы показать раны стигматов. Удлиненная фигура и светлые, почти призрачные белые тона рясы Франциска усиливают ощущение потусторонности, в то время как свободные мазки кисти размывают границу между святым и видением. Согласно традиции, Франциск Ассизский получил стигматы в 1226 году, увидев серафима, несущего образ распятого Христа, момент, который Эль Греко изображает с акцентом на духовном восторге святого и чудесных ранах на его руках.

Отсутствие земного окружения и яркость видения подчеркивают сверхъестественный характер события. Эль Греко написал эту версию Святого Франциска, принимающего стигматы в 1580-х годах, примерно в то же время, когда была создана другая подписанная версия, ныне находящаяся в Эскориале.