Der heilige Franziskus steht wie verzaubert da, sein Blick zum strahlenden Bild des gekreuzigten Christus gerichtet, der in den wirbelnden Wolken darüber erscheint, seine Hände erhoben, um die Wunden der Stigmata zu zeigen. Die elongated Figur und das leuchtende, fast gespenstische Weiß des Gewandes von Franziskus verstärken das Gefühl des Überirdischen, während lockere Pinselstriche die Grenze zwischen dem Heiligen und der Erscheinung auflösen. Der Tradition nach erhielt Franziskus von Assisi 1226 die Stigmata, nachdem er einen Seraphim gesehen hatte, der das Bild des gekreuzigten Christus trug, einen Moment, den El Greco mit Nachdruck auf das spirituelle Entzücken des Heiligen und die wundersamen Wunden an seinen Händen darstellt.

Das Fehlen jeglicher irdischer Umgebung und die Brillanz der Vision verstärken den übernatürlichen Charakter des Ereignisses. El Greco malte diese Version von Heiliger Franziskus, der die Stigmata empfängt in den 1580er Jahren, ungefähr zur gleichen Zeit wie eine andere signierte Version, die sich jetzt im Escorial befindet.