São Francisco está paralisado, seu olhar elevado em direção a uma visão radiante do Cristo crucificado que aparece nas nuvens giratórias acima, com as mãos levantadas para exibir as feridas dos estigmas. A figura alongada e os brancos luminosos, quase espectrais, da túnica de Francisco intensificam a sensação de outro mundo, enquanto as pinceladas soltas dissolvem a fronteira entre o santo e a aparição. Segundo a tradição, Francisco de Assis recebeu os estigmas em 1226 após contemplar um serafim que trazia a imagem de Cristo crucificado, um momento que El Greco retrata com ênfase no êxtase espiritual do santo e nas feridas milagrosas em suas mãos.

A ausência de qualquer cenário terreno e o brilho da visão reforçam o caráter sobrenatural do evento. El Greco pintou esta versão de São Francisco Recebendo os Estigmas na década de 1580, aproximadamente ao mesmo tempo que outra versão assinada que agora está no Escorial.