San Francisco se encuentra paralizado, su mirada elevada hacia una visión radiante del Cristo crucificado que aparece en las nubes que giran arriba, con las manos levantadas para mostrar las heridas de los estigmas. La figura alargada y los blancos luminosos, casi espectrales, de la túnica de Francisco intensifican la sensación de otro mundo, mientras que las pinceladas sueltas disuelven la frontera entre el santo y la aparición. Según la tradición, Francisco de Asís recibió los estigmas en 1226 después de contemplar un serafín que portaba la imagen de Cristo crucificado, un momento que El Greco representa con énfasis en el éxtasis espiritual del santo y las heridas milagrosas en sus manos.

La ausencia de cualquier entorno terrenal y el brillo de la visión refuerzan el carácter sobrenatural del evento. El Greco pintó esta versión de San Francisco Recibiendo los Estigmas en la década de 1580, aproximadamente al mismo tiempo que otra versión firmada que ahora se encuentra en El Escorial.