San Francesco è inebetito, lo sguardo rivolto verso una visione radiosa del Cristo crocifisso che appare tra le nuvole vorticosamente sopra di lui, le mani sollevate per mostrare le ferite degli stigmi. La figura allungata e i bianchi luminosi, quasi spettrali, del mantello di Francesco intensificano la sensazione di un altro mondo, mentre le pennellate sciolte dissolvono il confine tra il santo e l'apparizione. Secondo la tradizione, Francesco d'Assisi ricevette gli stigmi nel 1226 dopo aver contemplato un serafino che portava l'immagine di Cristo crocifisso, un momento che El Greco rappresenta con enfasi sull'estasi spirituale del santo e le ferite miracolose sulle sue mani.

L'assenza di qualsiasi ambientazione terrena e la brillantezza della visione rafforzano il carattere soprannaturale dell'evento. El Greco dipinse questa versione di San Francesco che riceve gli Stigmi negli anni '80 del '500, circa nello stesso periodo di un'altra versione firmata che si trova ora nell'Escorial.