Saint François se tient figé, le regard levé vers une vision radieuse du Christ crucifié apparaissant dans les nuages tourbillonnants au-dessus, les mains levées pour montrer les blessures des stigmates. La figure allongée et les blancs lumineux, presque spectrals, de la robe de François accentuent le sentiment d'un autre monde, tandis que les coups de pinceau lâches dissolvent la frontière entre le saint et l'apparition. Selon la tradition, François d'Assise a reçu les stigmates en 1226 après avoir contemplé un séraphin portant l'image du Christ crucifié, un moment que El Greco rend avec une emphase sur l'extase spirituelle du saint et les blessures miraculeuses sur ses mains.

L'absence de tout décor terrestre et la brillance de la vision renforcent le caractère surnaturel de l'événement. El Greco a peint cette version de Saint François Recevant les Stigmates dans les années 1580, à peu près au même moment qu'une autre version signée qui se trouve maintenant à l'Escorial.