Niemand weiß genau, wann Pontormo sein Heiliger Franziskus malte, noch für wen, und diese geheimnisvolle Aura umgibt das Werk schon lange. Was klar ist, ist, dass das Gemälde sich von den aufwendigeren Aufträgen des Künstlers für florentinische Kirchen und Adelige abhebt und stattdessen eine intime Vision des Heiligen bietet, die unter Wissenschaftlern viel Diskussion ausgelöst hat. Der Mangel an Dokumentation hat einige dazu gebracht, sich zu fragen, ob dies für private Andacht gedacht war oder vielleicht als persönliche Meditation des Künstlers selbst.

Im Gegensatz zu vielen Renaissance-Darstellungen von Heiligen, die mit Symbolen und narrativen Details überladen sind, ist dieser Heilige Franziskus auf das Wesentliche reduziert und lenkt die Aufmerksamkeit auf die innere Welt der Figur. Der Moment, den Pontormo zeigt, ist einer stillen Offenbarung: Heiliger Franziskus, in sein einfaches Habit gehüllt, steht allein, die Hände über der Brust gekreuzt in einer Geste der Demut und Hingabe. Das Gesicht des Heiligen ist hager, seine Augen erhoben, als wäre er in stilles Gebet oder in die Betrachtung des Göttlichen vertieft. Die gedämpfte Farbpalette und das sanfte Modellieren des Fleisches verstärken das Gefühl des spirituellen Rückzugs; das einzige Schmuckstück ist der geknotete Gürtel, ein franziskanisches Symbol für Armut und Gehorsam.

Im Gegensatz zu den dramatischen Stigmata-Szenen, die von Caravaggio bevorzugt werden, oder den narrativ reichen Werken von Giovanni Bellini, ist Pontormos Ansatz meditativ und lädt den Betrachter ein, die innere Transformation des Heiligen zu betrachten, anstatt ein äußeres Wunder. Die Reise dieses Gemäldes durch die Geschichte ist ebenso schwer fassbar wie seine Ursprünge. Ohne überlieferte Aufzeichnungen über seinen frühen Besitz oder Auftrag wird es oft mit anderen Andachtsbildern gruppiert, die von Pontormo im frühen 16. Jahrhundert geschaffen wurden, einer Zeit, in der er mit persönlicheren und ausdrucksvolleren Malstilen experimentierte.

Im Laufe der Zeit wurde das Werk verschiedenen Händen im florentinischen Kreis zugeschrieben, aber die stilistische Analyse hat seine Verbindung zu Pontormos reifem Stil verstärkt. Heute wird Heiliger Franziskus als ein seltenes und bewegendes Beispiel für die Fähigkeit des Künstlers anerkannt, psychologische Tiefe mit den spirituellen Idealen der Renaissance zu verbinden, und es lädt weiterhin zur Reflexion über sowohl das Leben des Heiligen als auch das innere Leben des Malers selbst ein.