Ninguém sabe ao certo quando Pontormo pintou seu São Francisco, nem para quem, e esse ar de mistério há muito envolve a obra. O que é claro é que a pintura se destaca dos comissionamentos mais elaborados do artista para igrejas florentinas e nobres, oferecendo em vez disso uma visão íntima do santo que gerou muito debate entre os estudiosos. A falta de documentação levou alguns a se perguntarem se isso foi destinado à devoção privada, ou talvez como uma meditação pessoal do próprio artista.

Ao contrário de muitas representações renascentistas de santos, que estão repletas de símbolos e detalhes narrativos, este São Francisco é reduzido ao essencial, focando a atenção no mundo interior da figura. O momento que Pontormo escolhe mostrar é um de revelação silenciosa: São Francisco, envolto em seu hábito simples, está sozinho, com as mãos cruzadas sobre o peito em um gesto de humildade e entrega. O rosto do santo é magro, seus olhos elevados, como se estivesse em oração silenciosa ou contemplação do divino. A paleta suave e a modelagem delicada da carne aumentam a sensação de retiro espiritual; o único adorno é o cordão atado de seu cinto, um símbolo franciscano de pobreza e obediência.

Ao contrário das dramáticas cenas de estigmas favorecidas por Caravaggio ou das obras ricas em narrativas de Giovanni Bellini, a abordagem de Pontormo é meditativa, convidando o espectador a contemplar a transformação interior do santo em vez de um milagre exterior. A jornada desta pintura através da história é tão elusiva quanto suas origens. Sem registros sobreviventes de sua propriedade ou comissionamento inicial, muitas vezes é agrupada com outras imagens devocionais produzidas por Pontormo durante o início do século XVI, um período em que ele estava experimentando modos de pintura mais pessoais e expressivos. Com o tempo, a obra foi atribuída a várias mãos dentro do círculo florentino, mas a análise estilística reforçou sua conexão com o estilo maduro de Pontormo.

Hoje, São Francisco é reconhecido como um exemplo raro e comovente da capacidade do artista de fundir profundidade psicológica com os ideais espirituais do Renascimento, e continua a convidar à reflexão tanto sobre a vida do santo quanto sobre a vida interior do próprio pintor.