Nessuno sa con certezza quando Pontormo abbia dipinto il suo San Francesco, né per chi, e quest'aria di mistero ha a lungo circondato l'opera. Ciò che è chiaro è che il dipinto si distingue dai più elaborati incarichi dell'artista per le chiese fiorentine e i nobili, offrendo invece una visione intima del santo che ha suscitato molto dibattito tra gli studiosi. La mancanza di documentazione ha portato alcuni a chiedersi se questo fosse destinato alla devozione privata, o forse come una meditazione personale dello stesso artista.

A differenza di molte rappresentazioni rinascimentali di santi, che sono affollate di simboli e dettagli narrativi, questo San Francesco è ridotto all'essenziale, concentrando l'attenzione sul mondo interiore della figura. Il momento che Pontormo sceglie di mostrare è uno di rivelazione silenziosa: San Francesco, avvolto nel suo semplice abito, sta solo, con le mani incrociate sul petto in un gesto di umiltà e resa. Il volto del santo è emaciato, i suoi occhi sollevati, come se fosse colto in preghiera silenziosa o nella contemplazione del divino. La palette tenue e il morbido modellato della carne aumentano il senso di ritiro spirituale; l'unico ornamento è il cordino annodato della sua cintura, un simbolo francescano di povertà e obbedienza.

A differenza delle drammatiche scene di stigmate favorite da Caravaggio o delle opere ricche di narrazioni di Giovanni Bellini, l'approccio di Pontormo è meditativo, invitando lo spettatore a contemplare la trasformazione interiore del santo piuttosto che un miracolo esteriore. Il viaggio di questo dipinto attraverso la storia è tanto sfuggente quanto le sue origini. Senza registrazioni sopravvissute del suo primo possesso o commissione, è spesso raggruppato con altre immagini devozionali prodotte da Pontormo all'inizio del XVI secolo, un periodo in cui stava sperimentando modalità di pittura più personali ed espressive. Nel corso del tempo, l'opera è stata attribuita a diverse mani all'interno del cerchio fiorentino, ma l'analisi stilistica ha rafforzato il suo legame con lo stile maturo di Pontormo.

Oggi, San Francesco è riconosciuto come un esempio raro e toccante della capacità dell'artista di fondere profondità psicologica con gli ideali spirituali del Rinascimento, e continua a invitare alla riflessione sia sulla vita del santo che sulla vita interiore dello stesso pittore.