В поздних работах Эль Греко нет другой темы, которая бы появлялась так часто, как святой Франциск, но Святой Франциск с братом Леоном выделяется своей редкой интимностью. В отличие от грандиозных алтарных образов или одиночных видений святого, здесь художник погружает нас в тихий момент товарищества, тему, к которой он возвращался как минимум в трех известных версиях. Точные происхождения картины неясны — нет записей о заказах или покровителях — но ее композиция предполагает, что она была предназначена для частного поклонения.

Ученые долго спорили о том, является ли стоящая на коленях фигура действительно братом Леоном, ближайшим спутником святого Франциска, или просто анонимным монахом, добавляя слой загадки к сцене. Картина запечатлевает святого Франциска в молитвенном экстазе, его руки крепко сжаты вокруг черепа — традиционного символа смертности и покаяния — в то время как брат Леон стоит на коленях рядом, склонив голову в смиренной поддержке. Свет прорезает мрак, освещая иссохшее лицо Франциска и грубые складки его рясы, привлекая взгляд зрителя к духовной борьбе святого. Каменистый пейзаж за ними, написанный в характерном вихревом стиле Эль Греко, намекает на дикие просторы горы Ла-Верна, где Франциск получил стигматы.

В отличие от спокойного Святого Франциска в пустыне Джованни Беллини, видение Эль Греко наполнено беспокойной энергией и психологическим напряжением, подчеркивая внутренние терзания святого, а не внешние чудеса. Физическая история Святого Франциска с братом Леоном менее задокументирована, чем некоторые более грандиозные заказы Эль Греко, и его медиум остается неопределенным — возможно, это масло на холсте, как и многие его религиозные работы. Вероятно, она возникла в Толедо, где художник провел последние десятилетия своей жизни, оттачивая уникальное сочетание венецианского цвета и испанского мистицизма. На протяжении веков версии этой композиции появлялись как в публичных, так и в частных коллекциях, что свидетельствует о ее популярности и о продолжающемся увлечении францисканской скромностью.

Сегодня эта картина признана свидетельством позднего стиля Эль Греко, отмеченного вытянутыми формами и духовной интенсивностью, и служит тихим контрапунктом к более драматичным алтарным образам того же периода.