Aucun autre sujet n'apparaît aussi souvent dans l'œuvre tardive de El Greco que Saint François, mais Saint François avec le Frère Léon se distingue par son intimité rare. Contrairement aux grands retables ou aux visions solitaires du saint, ici le peintre nous plonge dans un moment silencieux de compagnonnage, un thème qu'il a revisité dans au moins trois versions connues. Les origines précises de la peinture sont incertaines ; aucune commande ou mécène n'est enregistré, mais sa composition suggère qu'elle était destinée à la dévotion privée.

Les chercheurs ont longtemps débattu pour savoir si la figure agenouillée est vraiment le Frère Léon, le compagnon le plus proche de Saint François, ou simplement un moine anonyme, ajoutant une couche de mystère à la scène. La peinture capture Saint François dans un extase de prière, les mains fermement serrées autour d'un crâne, un symbole traditionnel de mortalité et de pénitence, tandis que le Frère Léon s'agenouille à ses côtés, la tête inclinée en humble soutien. La lumière perce l'obscurité, illuminant le visage émacié de François et les plis rugueux de son habit, attirant le regard du spectateur vers la lutte spirituelle du saint. Le paysage rocheux derrière eux, peint dans le style tourbillonnant caractéristique de El Greco, évoque la solitude du Mont La Verna, où François a reçu les stigmates.

En contraste avec le serein Saint François dans le Désert de Giovanni Bellini, la vision de El Greco est chargée d'énergie agitée et de tension psychologique, soulignant le tourment intérieur du saint plutôt que le miracle extérieur. L'histoire physique de Saint François avec le Frère Léon est moins documentée que certaines des commandes plus grandioses de El Greco, et son médium reste incertain ; probablement huile sur toile, comme beaucoup de ses œuvres dévotionnelles. Elle a probablement vu le jour à Tolède, où l'artiste a passé les dernières décennies de sa vie, affinant son mélange unique de couleur vénitienne et de mysticisme espagnol. Au fil des siècles, des versions de cette composition ont émergé dans des collections publiques et privées, témoignant de sa popularité et de la fascination durable pour l'humilité franciscaine.

Aujourd'hui, cette peinture est reconnue comme un témoignage du style tardif de El Greco, marqué par des formes allongées et une intensité spirituelle, et se dresse comme un contrepoint silencieux aux retables plus dramatiques de la même époque.