Ningún otro tema aparece con más frecuencia en las obras tardías de El Greco que San Francisco, pero San Francisco con el hermano León se destaca por su rara intimidad. A diferencia de los grandes retablos o visiones solitarias del santo, aquí el pintor nos introduce en un momento silencioso de compañerismo, un tema al que regresó en al menos tres versiones conocidas. Los orígenes precisos de la pintura son inciertos; no se registra ninguna comisión o patrocinador, pero su composición sugiere que estaba destinada a la devoción privada.

Los estudiosos han debatido durante mucho tiempo si la figura arrodillada es realmente el hermano León, el compañero más cercano de San Francisco, o simplemente un fraile anónimo, añadiendo una capa de misterio a la escena. La pintura captura a San Francisco en un éxtasis de oración, con las manos fuertemente unidas alrededor de un cráneo, un símbolo tradicional de mortalidad y penitencia, mientras el hermano León se arrodilla a su lado, con la cabeza inclinada en humilde apoyo. La luz atraviesa la penumbra, iluminando el rostro demacrado de Francisco y los ásperos pliegues de su hábito, dirigiendo la mirada del espectador hacia la lucha espiritual del santo. El paisaje rocoso detrás de ellos, pintado en el característico estilo en espiral de El Greco, insinúa la soledad del Monte La Verna, donde Francisco recibió los estigmas.

En contraste con el sereno San Francisco en el desierto de Giovanni Bellini, la visión de El Greco está cargada de energía inquieta y tensión psicológica, enfatizando la agitación interna del santo en lugar del milagro exterior. La historia física de San Francisco con el hermano León está menos documentada que algunas de las comisiones más grandiosas de El Greco, y su medio sigue siendo incierto; posiblemente óleo sobre lienzo, como muchas de sus obras devocionales. Probablemente se originó en Toledo, donde el artista pasó las últimas décadas de su vida, refinando su singular mezcla de color veneciano y misticismo español. A lo largo de los siglos, versiones de esta composición han surgido en colecciones públicas y privadas, atestiguando su popularidad y la fascinación duradera por la humildad franciscana.

Hoy, esta pintura es reconocida como un testimonio del estilo tardío de El Greco, marcado por formas alargadas e intensidad espiritual, y se erige como un contrapunto silencioso a los retablos más dramáticos de la misma época.