Als El Greco um 1600 Kreuzigung mit der Jungfrau Maria und dem Heiligen Johannes Evangelist malte, war er bereits für seine gewagten Interpretationen christlicher Themen bekannt, aber was dieses Werk auszeichnet, ist sein Platz in einer Reihe von Kreuzigungsszenen, die er im Laufe seiner Karriere wiederholte. Wissenschaftler haben lange festgestellt, dass El Greco sich selten auf die gleiche Weise wiederholte; jede Version der Kreuzigung ist eine eigenständige Meditation, und dieses besondere Gemälde sticht durch seine markante Vertikalität und die emotionale Isolation seiner Figuren hervor. Die Anzahl der Versionen—mindestens fünf sind heute bekannt—hat Debatten über ihre beabsichtigten Kontexte und Mäzene ausgelöst, wobei einige private Andacht und andere sie mit Kirchenaufträgen in Toledo in Verbindung bringen. In dem Moment, den El Greco festhielt, hängt Christus am Kreuz, sein Körper ist langgezogen und schwerelos vor einem sturmverdunkelten Himmel.

Darunter steht die Jungfrau Maria in tiefem Blau gehüllt, ihre Hände in stillem Schmerz gefaltet, während der Heilige Johannes Evangelist in Rot nach oben gestikuliert, in einer Mischung aus Verzweiflung und Zeugenschaft. Der scharfe Kontrast zwischen der Blässe des Körpers Christi und den wirbelnden, fast unrealen Wolken zieht den Blick nach oben und spiegelt das spirituelle Drama der Szene wider. Im Gegensatz zu den überfüllten, erzählerisch reichen Kreuzigungen von Rubens oder Tizian reduziert El Greco die Geschichte auf das Wesentliche: drei Figuren, jede in ihrem Schmerz isoliert, aber durch das Ereignis verbunden.

Die langgezogenen Formen und das flackernde Licht sind Merkmale seines späten Stils, die der Szene ein Gefühl von spiritueller Dringlichkeit verleihen. Die frühe Geschichte dieses Gemäldes ist nicht vollständig dokumentiert, aber es stammt wahrscheinlich aus Toledo, wo El Greco die letzten Jahrzehnte seines Lebens verbrachte und seinen charakteristischen Ansatz zur religiösen Kunst entwickelte. Es gibt keinen überlieferten Nachweis seines ursprünglichen Mäzens, obwohl seine intime Größe und Fokussierung darauf hindeuten, dass es für private Kontemplation und nicht für ein großes Altarbild gedacht sein könnte. Im Laufe der Jahrhunderte wurde die Zuschreibung des Gemäldes nie ernsthaft in Frage gestellt, da sein unverwechselbarer Stil und seine Technik den Stempel von El Grecos reifer Periode tragen.

Heute wird Kreuzigung mit der Jungfrau Maria und dem Heiligen Johannes Evangelist als ein Schlüsselwerk in der späten Schaffensphase des Künstlers anerkannt, das seine einzigartige Vision an der Schwelle der Spanischen Renaissance und dem Beginn des Manierismus veranschaulicht.