Cuando El Greco pintó Crucifixión con la Virgen María y San Juan Evangelista alrededor de 1600, ya era conocido por sus audaces interpretaciones de temas cristianos, pero lo que distingue a esta obra es su lugar entre una serie de escenas de crucifixión que revisó a lo largo de su carrera. Los estudiosos han señalado durante mucho tiempo que El Greco rara vez se repetía de la misma manera; cada versión de la Crucifixión es una meditación distinta, y esta pintura en particular se destaca por su verticalidad marcada y el aislamiento emocional de sus figuras. El número de versiones—al menos cinco conocidas hoy—ha suscitado debates sobre sus contextos y mecenas previstos, con algunos sugiriendo devoción privada y otros vinculándolas a encargos de iglesias en Toledo. En el momento que El Greco eligió capturar, Cristo cuelga en la cruz, su cuerpo alargado y etéreo contra un cielo oscurecido por la tormenta.

Abajo, la Virgen María se encuentra vestida de azul profundo, con las manos unidas en un duelo silencioso, mientras que San Juan Evangelista, en rojo, gesticula hacia arriba en una mezcla de desesperación y testimonio. El agudo contraste entre la palidez del cuerpo de Cristo y las nubes turbulentas, casi irreales, atrae la mirada hacia arriba, resonando con el drama espiritual de la escena. A diferencia de las crucifixiones abarrotadas y ricas en narrativas de Rubens o Tiziano, El Greco reduce la historia a sus elementos esenciales: tres figuras, cada una aislada en su dolor, pero unidas por el evento.

Las formas alargadas y la luz titilante son características de su estilo tardío, otorgando a la escena un sentido de urgencia espiritual. La historia temprana de esta pintura no está completamente documentada, pero probablemente se originó en Toledo, donde El Greco pasó las últimas décadas de su vida y desarrolló su enfoque distintivo del arte religioso. No hay un registro sobreviviente de su mecenas original, aunque su escala íntima y enfoque sugieren que pudo haber sido destinada a la contemplación privada en lugar de ser un gran retablo. A lo largo de los siglos, la atribución de la pintura nunca fue seriamente cuestionada, ya que su estilo y técnica inconfundibles llevan la marca del período maduro de El Greco.

Hoy en día, Crucifixión con la Virgen María y San Juan Evangelista es reconocida como una obra clave en el tardío trabajo del artista, ejemplificando su visión única en el umbral del Renacimiento español y el amanecer del Manierismo.