Aucun autre artiste n'a peint autant de versions de Saint François en prière devant le crucifix que El Greco. Au moins six variations ont survécu, chacune subtilement différente, suggérant une fascination durable pour la dévotion solitaire du saint. Cette toile particulière, datée de 1587, appartient à une période où El Greco était nouvellement établi à Tolède, en Espagne, et très demandé par les ordres religieux locaux.

Les frères franciscains, avec leur accent sur la pauvreté et l'expérience mystique, ont trouvé dans la vision de El Greco un langage visuel adapté à leurs idéaux. La peinture capture un moment de communion intime : Saint François, agenouillé seul dans son habit rugueux, regarde vers le haut un simple crucifix en bois. Ses mains sont jointes, les blessures des stigmates visibles, tandis qu'un crâne repose à proximité, un rappel de la mortalité et de l'humilité. L'arrière-plan est sombre, presque informe, concentrant toute l'attention sur le visage et les mains lumineux du saint, qui semblent briller d'un fervor intérieur.

Contrairement aux compositions sereines et équilibrées des saints franciscains ultérieurs de Zurbarán, la figure de El Greco est allongée, ses traits expressifs, le coup de pinceau énergique, transmettant non pas le calme, mais une intensité spirituelle. Le patron exact de cette version reste incertain, mais il est typique des œuvres dévotionnelles produites pour des chapelles privées ou des cellules monastiques dans l'Espagne de la fin du XVIe siècle. Au fil des siècles, le parcours de la peinture a été moins documenté que celui de certaines des grandes œuvres d'autel de El Greco, mais son style et son sujet l'ont placée parmi les images religieuses les plus copiées et admirées de son œuvre. Aujourd'hui, elle se dresse comme un témoignage de l'aptitude unique de El Greco à fusionner la couleur vénitienne avec le mysticisme espagnol, marquant un point culminant de ses années à Tolède et influençant des générations de peintres espagnols à venir.