Nessun altro artista ha dipinto tante versioni di San Francesco in preghiera davanti al crocifisso come El Greco. Sono sopravvissute almeno sei variazioni, ognuna leggermente diversa, suggerendo una fascinazione duratura per la devozione solitaria del santo. Questa particolare tela, datata 1587, appartiene a un periodo in cui El Greco si era appena stabilito a Toledo, in Spagna, ed era molto richiesto dagli ordini religiosi locali.

I frati francescani, con il loro accento sulla povertà e sull'esperienza mistica, trovarono nella visione di El Greco un linguaggio visivo adatto ai loro ideali. Il dipinto cattura un momento di comunione intima: San Francesco, inginocchiato da solo nel suo ruvido abito, guarda in alto verso un semplice crocifisso di legno. Le sue mani sono unite, le ferite degli stigmi sono visibili, mentre un teschio riposa vicino, un promemoria di mortalità e umiltà. Lo sfondo è scuro, quasi informe, concentrando tutta l'attenzione sul volto e sulle mani luminose del santo, che sembrano brillare di fervore interiore.

A differenza delle composizioni serene ed equilibrate dei santi francescani successivi di Zurbarán, la figura di El Greco è allungata, i suoi tratti espressivi, la pennellata energica, trasmettendo non calma, ma intensità spirituale. Il preciso patrono di questa versione rimane incerto, ma è tipico delle opere devozionali prodotte per cappelle private o celle monastiche nella Spagna della fine del XVI secolo. Nel corso dei secoli, il viaggio del dipinto è stato meno documentato rispetto ad alcune delle grandi pale d'altare di El Greco, ma il suo stile e il suo soggetto lo hanno collocato tra le immagini religiose più copiate e ammirate della sua opera. Oggi, si erge come un testimone della singolare capacità di El Greco di fondere il colore veneziano con il misticismo spagnolo, segnando un punto culminante nei suoi anni a Toledo e influenzando generazioni di pittori spagnoli a venire.