Ningún otro artista pintó tantas versiones de San Francisco en oración ante el crucifijo como El Greco. Al menos seis variaciones han sobrevivido, cada una sutilmente diferente, sugiriendo una fascinación duradera por la devoción solitaria del santo. Este lienzo en particular, fechado en 1587, pertenece a un período en el que El Greco se había establecido recientemente en Toledo, España, y era muy demandado entre las órdenes religiosas locales.

Los frailes franciscanos, con su énfasis en la pobreza y la experiencia mística, encontraron en la visión de El Greco un lenguaje visual adecuado para sus ideales. La pintura captura un momento de comunión íntima: San Francisco, arrodillado solo en su áspero hábito, mira hacia arriba a un simple crucifijo de madera. Sus manos están entrelazadas, las heridas de los estigmas son visibles, mientras que un cráneo reposa cerca, un recordatorio de la mortalidad y la humildad. El fondo es oscuro, casi amorfo, enfocando toda la atención en el rostro y las manos luminosas del santo, que parecen brillar con fervor interno.

A diferencia de las composiciones serenas y equilibradas de los santos franciscanos posteriores de Zurbarán, la figura de El Greco es alargada, sus rasgos expresivos, la pincelada enérgica, transmitiendo no calma, sino intensidad espiritual. El exacto patrocinador de esta versión sigue siendo incierto, pero es típico de las obras devocionales producidas para capillas privadas o celdas monásticas en la España del siglo XVI tardío. A lo largo de los siglos, el viaje de la pintura ha sido menos documentado que el de algunas de las grandiosas piezas de altar de El Greco, pero su estilo y tema la colocaron entre las imágenes religiosas más copiadas y admiradas de su obra. Hoy en día, se erige como un testimonio de la singular capacidad de El Greco para fusionar el color veneciano con el misticismo español, marcando un punto culminante en sus años en Toledo e influyendo en generaciones de pintores españoles por venir.