Un jeune homme est à genoux sur un rocher, les bras liés derrière un arbre, son corps transpercé de flèches et son regard tourné vers le ciel dans un geste de souffrance et de résistance spirituelle. Les membres allongés de la figure et l'éclairage dramatique accentuent le sentiment de tension et de drame, tandis que le paysage derrière lui s'efface dans un ciel orageux. Le Martyre de Saint Sébastien dépeint l'épreuve légendaire du saint sous Dioclétien, lorsqu'il fut attaché et transpercé de flèches pour sa foi chrétienne, un sujet populaire dans l'art religieux.

Les chercheurs datent l'œuvre autour de 1577, la plaçant au début de la carrière de El Greco en Espagne, et certains l'ont liée à la commande de Diego de Castilla, bien que d'autres suggèrent qu'elle a d'abord appartenu à Don Juan Alonso de Córdoba, un associé de l'évêque de Palencia. La pose distinctive à genoux de la peinture est inhabituelle pour les représentations de Saint Sébastien et peut refléter l'engagement de El Greco avec les compositions de maîtres antérieurs. Créée durant la période espagnole précoce de l'artiste, cette œuvre se situe à l'intersection du Maniérisme et du style personnel qui définirait les peintures religieuses ultérieures de El Greco.