Un giovane si inginocchia su un affioramento roccioso, con le braccia legate dietro a un albero, il corpo trafitto da frecce e lo sguardo rivolto verso l'alto in un gesto di sofferenza e resistenza spirituale. Gli arti allungati della figura e l'illuminazione drammatica intensificano il senso di tensione e dramma, mentre il paesaggio dietro di lui sfuma in un cielo tempestoso. Il Martirio di San Sebastiano rappresenta la leggendaria prova del santo sotto Diocleziano, quando fu legato e colpito da frecce per la sua fede cristiana, un tema popolare nell'arte religiosa.

Gli studiosi datano l'opera intorno al 1577, collocandola all'inizio della carriera di El Greco in Spagna, e alcuni l'hanno collegata all'incarico di Diego de Castilla, sebbene altri suggeriscano che fosse di proprietà di Don Juan Alonso de Córdoba, un associato del Vescovo di Palencia. La distintiva posa inginocchiata del dipinto è insolita per le rappresentazioni di San Sebastiano e potrebbe riflettere l'impegno di El Greco con le composizioni dei maestri precedenti. Creata durante il periodo spagnolo iniziale dell'artista, quest'opera si colloca all'incrocio tra Manierismo e lo stile personale che avrebbe definito i successivi dipinti religiosi di El Greco.