Un joven se arrodilla en un saliente rocoso, con los brazos atados detrás de un árbol, su cuerpo atravesado por flechas y su mirada dirigida hacia arriba en un gesto de sufrimiento y resistencia espiritual. Las extremidades alargadas de la figura y la iluminación dramática intensifican la sensación de tensión y drama, mientras que el paisaje detrás de él se desvanece en un cielo tormentoso. El Martirio de San Sebastián representa la legendaria prueba del santo bajo Diocleciano, cuando fue atado y atravesado por flechas por su fe cristiana, un tema popular en el arte religioso.

Los estudiosos datan la obra alrededor de 1577, situándola al inicio de la carrera de El Greco en España, y algunos han vinculado su encargo a Diego de Castilla, aunque otros sugieren que fue primero propiedad de Don Juan Alonso de Córdoba, un asociado del Obispo de Palencia. La distintiva pose de rodillas de la pintura es inusual en las representaciones de San Sebastián y puede reflejar el compromiso de El Greco con las composiciones de maestros anteriores. Creada durante el período español temprano del artista, esta obra se sitúa en la intersección del Manierismo y el estilo personal que definiría las posteriores pinturas religiosas de El Greco.