Alla fine del XVI secolo, El Greco dipinse diverse versioni di San Francesco d'Assisi e Fratello Leone che Medita sulla Morte, un soggetto che lo affascinò per tutta la sua carriera. La ripetizione di questo tema, con sottili variazioni nella composizione e nell'umore, ha portato gli studiosi a dibattere su quale versione sia stata realizzata per prima e se fossero state create per la devozione privata o per mecenati monastici. Questo particolare dipinto, datato 1585, si distingue per il suo focus intimo sulla mortalità, un tema che risuonava profondamente in Spagna durante la Controriforma, quando i richiami alla morte e all'aldilà erano centrali nella pratica religiosa. Nel cuore della scena, El Greco cattura San Francesco e il suo devoto compagno Fratello Leone in un momento di contemplazione silenziosa davanti a un teschio, un simbolo antico della morte e della natura effimera della vita terrena.

Francesco, avvolto nel suo ruvido abito, guarda in basso, con le mani delicatamente intrecciate attorno al teschio, mentre Leone si inginocchia accanto a lui in umile preghiera. Le forme allungate e la luce tremolante, caratteristiche dello stile di El Greco, intensificano il senso di intensità spirituale. A differenza dell'approccio sereno, quasi decorativo delle successive opere di San Francesco di Zurbarán, le figure di El Greco sembrano inquieti, il loro tumulto interiore riflesso nella drappeggiatura vorticosa e nel paesaggio ombreggiato. La provenienza iniziale di questa versione rimane incerta, come spesso accade con le opere devozionali di El Greco, che venivano frequentemente prodotte per collezionisti privati o piccole cappelle piuttosto che per grandi commissioni pubbliche.

Nel corso dei secoli, il dipinto è stato attribuito a diverse mani all'interno della bottega di El Greco, ma l'analisi tecnica supporta la sua origine nella mano del maestro, probabilmente durante il suo prolifico periodo a Toledo. Oggi è riconosciuto come un esempio chiave della visione unica di El Greco, che unisce il misticismo della spiritualità spagnola con l'energia espressiva del tardo Rinascimento. Il suo viaggio dalla Spagna del XVI secolo al museo moderno sottolinea il potere duraturo del suo soggetto meditativo.