Ни один другой художник не изображал Святого Франциска так часто и так интенсивно, как Эль Греко. В конце XVI века испанская контрреформация вызвала волну преданности этому святому, и Эль Греко ответил как минимум дюжиной версий Святого Франциска в экстазе, каждая из которых исследует мистические переживания монаха в своем ключе. Эта картина 1590 года является одной из самых ранних, созданной вскоре после того, как Эль Греко обосновался в Толедо, где францисканские покровители и местные коллекционеры требовали изображения экстаза святого. Сцена запечатлевает момент духовного восхождения Святого Франциска, который одинок в каменистом пустынном ландшафте, руки сложены в молитве, голова наклонена вверх, как будто он слушает голос, который слышит только он.

Художник помещает святого на фоне темного грозового неба, где луч света падает прямо на его лицо и грубую рясу, что намекает на божественное присутствие. У ног Франциска лежит череп, традиционное напоминание о смертности, напоминающее зрителям о бренности жизни и обещании спасения. В отличие от спокойных, упорядоченных видений Мурильо или Сурбарана, Франциск у Эль Греко выглядит иссушенным, вытянутым и почти лихорадочным, его экстаз изображен не как нежное вдохновение, а как физическое и эмоциональное потрясение. Точные истоки этой картины остаются неопределенными, так как записи о ее заказе не сохранились, но ее стиль и тема четко помещают ее в ранний период Эль Греко в Толедо.

На протяжении веков версии Святого Франциска в экстазе перемещались по испанским церквям, частным часовням и домам коллекционеров, часто ошибочно приписывались или путались друг с другом из-за их сходства. Сегодня этот конкретный холст признается ключевым примером духовной интенсивности Эль Греко и его уникального подхода к религиозному искусству на заре испанского Золотого века.