Aucun autre artiste n'a peint Saint François aussi souvent ou avec autant d'intensité que El Greco. À la fin du XVIe siècle, la Contre-Réforme espagnole a déclenché une vague de dévotion envers le saint, et El Greco a répondu avec au moins une douzaine de versions de Saint François en Extase, chacune explorant les expériences mystiques du moine sous un angle différent. Cette peinture de 1590 est l'une des plus anciennes, créée peu après que El Greco se soit installé à Tolède, où des mécènes franciscains et des collectionneurs locaux réclamaient des images des extases du saint. La scène capture le moment du transport spirituel de Saint François, seul dans une wilderness rocheuse, les mains jointes en prière, la tête inclinée vers le haut comme s'il écoutait une voix que seul lui peut entendre.

Le peintre place le saint contre un ciel sombre et orageux, où un rayon de lumière tombe directement sur son visage et son habit rugueux, suggérant une présence divine. Aux pieds de François se trouve un crâne, un traditionnel memento mori, rappelant aux spectateurs la mortalité et la promesse de salut. Contrairement aux visions sereines et ordonnées de Murillo ou Zurbarán, le François de El Greco est émacié, allongé et presque fiévreux, son extase représentée non pas comme une douce inspiration mais comme un bouleversement physique et émotionnel. Les origines exactes de cette peinture demeurent incertaines, car les archives de sa commande n'ont pas survécu, mais son style et son sujet la placent fermement dans la période toledane précoce de El Greco.

Au fil des siècles, des versions de Saint François en Extase ont circulé dans des églises espagnoles, des chapelles privées et des maisons de collectionneurs, souvent mal attribuées ou confondues les unes avec les autres en raison de leurs similitudes. Aujourd'hui, cette toile particulière est reconnue comme un exemple clé de l'intensité spirituelle de El Greco et de son approche distinctive de l'art religieux à l'aube du Siècle d'Or espagnol.