Ningún otro artista pintó a San Francisco tan a menudo o con tanta intensidad como El Greco. A finales del siglo XVI, la Contrarreforma española desató una ola de devoción hacia el santo, y El Greco respondió con al menos una docena de versiones de San Francisco en Éxtasis, cada una explorando las experiencias místicas del fraile en una clave diferente. Esta pintura de 1590 se encuentra entre las más tempranas, creada poco después de que El Greco se estableciera en Toledo, donde los patronos franciscanos y los coleccionistas locales clamaban por imágenes de los éxtasis del santo. La escena captura el momento del transporte espiritual de San Francisco, solo en una desolada wilderness, con las manos unidas en oración, la cabeza inclinada hacia arriba como si escuchara una voz que solo él puede oír.

El pintor sitúa al santo contra un cielo oscuro y tormentoso, donde un rayo de luz cae directamente sobre su rostro y su áspero hábito, sugiriendo una presencia divina. A los pies de Francisco yace un cráneo, un tradicional memento mori, recordando a los espectadores la mortalidad y la promesa de salvación. A diferencia de las serenas y ordenadas visiones de Murillo o Zurbarán, el Francisco de El Greco es demacrado, alargado y casi febril, su éxtasis representado no como una suave inspiración, sino como un tumulto físico y emocional. Los orígenes exactos de esta pintura siguen siendo inciertos, ya que no han sobrevivido registros de su encargo, pero su estilo y tema la sitúan firmemente en el período temprano toledano de El Greco.

A lo largo de los siglos, versiones de San Francisco en Éxtasis han circulado por iglesias españolas, capillas privadas y hogares de coleccionistas, a menudo mal atribuidas o confundidas entre sí debido a sus similitudes. Hoy en día, este lienzo en particular es reconocido como un ejemplo clave de la intensidad espiritual de El Greco y su enfoque distintivo del arte religioso en el amanecer del Siglo de Oro español.