Ни один другой художник не изображал Святую Семью так, как это сделал Эль Греко, и в Святой Семье с Марией Магдалиной он добавляет фигуру, редко встречающуюся в этой сцене: саму Марию Магдалину. Присутствие покаявшейся Магдалины среди Иисуса, Марии и Иосифа на протяжении веков ставило ученых в недоумение, поскольку она не является частью канонического Рождества или ранней жизни Христа. Существует несколько версий этой композиции, что свидетельствует о том, что Эль Греко возвращался к этой необычной группе более одного раза, возможно, по просьбе конкретного покровителя или для духовных нужд элиты Толедо.

Дата создания картины и первоначальный заказчик остаются неизвестными, что усиливает атмосферу тайны вокруг нее. В центре холста младенец Христос находится на руках у Девы Марии, в то время как Иосиф стоит рядом, защищая их. Мария Магдалина коленопреклонно находится сбоку, ее длинные волосы и сосуд с миром однозначно идентифицируют ее. Ее взгляд сосредоточен на Христе, руки сложены в молитве — жест, который намекает на ее будущую роль свидетеля Воскресения.

Свет падает наиболее ярко на лица и руки, вовлекая зрителя в интимность момента. В отличие от более упорядоченных и спокойных Святой Семьи, написанных Рафаэлем, фигуры Эль Греко вытянуты, их формы оживлены вихревыми драпировками и почти электрическим чувством движения. Путешествие этой конкретной версии Святой Семьи с Марией Магдалиной не задокументировано полностью, что типично для многих работ Эль Греко из его толедского периода. Она, вероятно, возникла в Испании, где художник провел последнюю часть своей жизни, и могла украшать частную часовню или дом дворянина.

Со временем картину приписывали к различным этапам карьеры Эль Греко, и некоторые эксперты отмечают более свободную манеру письма и яркие цвета, характерные для его зрелого стиля. Сегодня она является свидетельством уникального видения Эль Греко, сочетая венецианские цвета, византийскую иконографию и испанский мистицизм в сцене, которая одновременно знакома и совершенно уникальна.