Nessun altro artista ha dipinto la Sacra Famiglia come El Greco, e in La Sacra Famiglia con Maria Maddalena aggiunge una figura raramente vista in questa scena: la stessa Maria Maddalena. La presenza della penitente Maddalena tra Gesù, Maria e Giuseppe ha sconcertato studiosi per secoli, poiché non fa parte della Natività canonica o della vita precoce di Cristo. Esistono diverse versioni di questa composizione, suggerendo che El Greco sia tornato a questo insolito raggruppamento più di una volta, forse su richiesta di un mecenate specifico o per le esigenze devozionali dell'élite di Toledo.

La data del dipinto e il committente originale rimangono sconosciuti, approfondendo l'aria di mistero che lo circonda. Al centro della tela, il bambino Gesù è cullato dalla Vergine Maria, mentre Giuseppe si trova protettivamente nelle vicinanze. Maria Maddalena è inginocchiata di lato, i suoi lunghi capelli e il vaso di unguento la identificano in modo inconfondibile. Il suo sguardo è fisso sul Bambino Cristo, le mani unite in devozione, un gesto che allude al suo ruolo successivo come testimone della Resurrezione.

La luce cade più intensamente sui volti e sulle mani, attirando lo spettatore nell'intimità del momento. A differenza delle Sacre Famiglie più ordinate e serene dipinte da Raffaello, le figure di El Greco sono allungate, le loro forme animate da drappeggi vorticosi e da una sensazione quasi elettrica di movimento. Il percorso di questa particolare versione di La Sacra Famiglia con Maria Maddalena non è completamente documentato, il che è tipico di molte opere di El Greco del suo periodo toledano. Probabilmente ha avuto origine in Spagna, dove l'artista trascorse la parte finale della sua vita, e potrebbe aver adornato una cappella privata o una casa nobile.

Nel corso del tempo, il dipinto è stato attribuito a diverse fasi della carriera di El Greco, con alcuni esperti che notano la pennellata più sciolta e i colori audaci caratteristici del suo stile maturo. Oggi si erge come un testimone della visione singolare di El Greco, fondendo il colore veneziano, l'iconografia bizantina e il misticismo spagnolo in una scena che è sia familiare che assolutamente unica.