Aucun autre artiste n'a peint la Sainte Famille comme El Greco, et dans La Sainte Famille avec Marie Madeleine, il ajoute une figure rarement vue dans cette scène : Marie Madeleine elle-même. La présence de la pénitente Madeleine parmi Jésus, Marie et Joseph a intrigué les chercheurs pendant des siècles, car elle ne fait pas partie de la Nativité canonique ni de la vie précoce du Christ. Plusieurs versions de cette composition existent, suggérant que El Greco est revenu à ce groupement inhabituel plus d'une fois, peut-être à la demande d'un mécène spécifique ou pour les besoins dévotionnels de l'élite de Tolède.

La date de la peinture et le commanditaire original restent inconnus, approfondissant l'air de mystère qui l'entoure. Au cœur de la toile, l'enfant Christ est bercé par la Vierge Marie, tandis que Joseph se tient protecteur à proximité. Marie Madeleine est agenouillée sur le côté, ses longs cheveux et son flacon d'onguent l'identifiant de manière indiscutable. Son regard est fixé sur l'Enfant Christ, ses mains jointes en dévotion, un geste qui fait allusion à son rôle ultérieur en tant que témoin de la Résurrection.

La lumière tombe le plus fortement sur les visages et les mains, attirant le spectateur dans l'intimité du moment. Contrairement aux Saines Familles plus ordonnées et sereines peintes par Raphaël, les figures de El Greco sont allongées, leurs formes animées par des drapés tourbillonnants et une sensation presque électrique de mouvement. Le parcours de cette version particulière de La Sainte Famille avec Marie Madeleine n'est pas complètement documenté, ce qui est typique de nombreuses œuvres de El Greco de sa période à Tolède. Elle a probablement vu le jour en Espagne, où l'artiste a passé la dernière partie de sa vie, et a pu orner une chapelle privée ou une maison noble.

Au fil du temps, la peinture a été attribuée à différentes étapes de la carrière de El Greco, certains experts notant le coup de pinceau plus lâche et les couleurs audacieuses caractéristiques de son style mature. Aujourd'hui, elle se dresse comme un témoignage de la vision singulière de El Greco, mêlant la couleur vénitienne, l'iconographie byzantine et le mysticisme espagnol dans une scène à la fois familière et absolument unique.