Als El Greco Johannes der Evangelist und Franziskus um 1600 malte, befand er sich auf dem Höhepunkt seines Ruhms in Toledo, doch die Identität des ursprünglichen Mäzens und das erste Ziel des Gemäldes bleiben ein Rätsel. Sicher ist, dass diese Kombination von Heiligen—für die Zeit selten—unter Wissenschaftlern Debatten ausgelöst hat, die darauf hinweisen, dass El Greco im Laufe seiner Karriere immer wieder zu diesen Figuren zurückkehrte und oft ihre spirituelle Verwandtschaft erkundete. Einige schlagen vor, dass das Werk für die private Andacht gedacht war, angesichts seines intimen Maßstabs und seiner meditativen Stimmung, anstatt für einen großen Kirchenauftrag. Im Herzen des Gemäldes wählt El Greco es, den heiligen Johannes, den geliebten Jünger, und den heiligen Franziskus, den Gründer des Franziskanerordens, in einem Moment stiller Gemeinschaft zusammenzubringen.

Der heilige Johannes, jugendlich und nachdenklich, hält sein Attribut, den Kelch, eine Anspielung auf die Legende seiner Überlebensfähigkeit nach dem Trinken von vergiftetem Wein. Neben ihm zeigt der heilige Franziskus, mager und bescheiden, die Stigmata an seinen Händen, die wunderbaren Wunden Christi. Die verlängerten Formen und die wirbelnden Drapierungen, die Markenzeichen von El Grecos spätem Stil, ziehen den Blick des Betrachters nach oben und deuten auf eine gemeinsame Vision oder Ekstase hin.

Im Gegensatz zu den geerdeten, irdischen Heiligen von Caravaggio scheinen El Grecos Figuren zwischen den Welten zu schweben, ihre Gesichter von einem überirdischen Glanz erleuchtet. Die genaue Provenienz des Gemäldes ist ungewiss, aber es ist typisch für die Andachtswerke, die El Greco zu Beginn des 17. Jahrhunderts für die religiöse Elite von Toledo schuf. Im Laufe der Jahrhunderte hat das Werk private Sammlungen durchlaufen, wobei seine Zuschreibung gelegentlich aufgrund der vielen Versionen und Kopien, die von El Greco und seiner Werkstatt produziert wurden, in Frage gestellt wurde.

Heute steht Johannes der Evangelist und Franziskus als Zeugnis für die einzigartige Vision des Künstlers zu Beginn des Jahrhunderts, als sein reifer Stil—geprägt von kräftigen Farben, verlängerten Formen und spiritueller Intensität—vollständig ausgeprägt und tief einflussreich auf die spätere spanische Malerei war.