Cuando El Greco pintó San Juan Evangelista y San Francisco alrededor de 1600, estaba en la cúspide de su fama en Toledo, sin embargo, las identidades del patrocinador original y el primer destino de la pintura siguen siendo un misterio. Lo que es seguro es que esta combinación de santos, rara para la época, ha suscitado debates entre los académicos, quienes señalan que El Greco regresó a estas figuras repetidamente a lo largo de su carrera, explorando a menudo su parentesco espiritual. Algunos sugieren que la obra estaba destinada a la devoción privada, dada su escala íntima y su atmósfera meditativa, en lugar de ser un encargo para una gran iglesia. En el corazón de la pintura, El Greco elige reunir a San Juan, el discípulo amado, y a San Francisco, el fundador de la orden franciscana, en un momento de comunión silenciosa.

San Juan, juvenil y contemplativo, sostiene su atributo, el cáliz, una referencia a la leyenda de su supervivencia tras beber vino envenenado. A su lado, San Francisco, demacrado y humilde, muestra los estigmas en sus manos, las heridas milagrosas de Cristo. Las formas alargadas y la drapeada en espiral, características del estilo tardío de El Greco, atraen la mirada del espectador hacia arriba, sugiriendo una visión compartida o éxtasis.

A diferencia de los santos terrenales y anclados de Caravaggio, las figuras de El Greco parecen flotar entre mundos, sus rostros iluminados por un resplandor sobrenatural. La procedencia precisa de la pintura es incierta, pero es típica de las obras devocionales que El Greco produjo para la élite religiosa de Toledo a principios del siglo XVII. A lo largo de los siglos, la obra ha pasado por colecciones privadas, y su atribución ha sido cuestionada ocasionalmente debido a las numerosas versiones y copias producidas por El Greco y su taller. Hoy en día, San Juan Evangelista y San Francisco se erige como un testimonio de la visión única del artista en el cambio de siglo, cuando su estilo maduro, marcado por colores audaces, formas alargadas e intensidad espiritual, estaba completamente formado y profundamente influenciado en la pintura española posterior.