Im Jahr 1608 wurde El Greco beauftragt, eine Reihe von Gemälden der Apostel für die Kirche des Hospitals der Barmherzigkeit in Illescas, nahe Toledo, zu schaffen. Unter diesen sticht Der Apostel Thomas durch seine Intensität und Individualität hervor; keine der Figuren in der Serie ist gleich, und jede wird mit einer psychologischen Tiefe dargestellt, die für die damalige Zeit ungewöhnlich war. Dieses Set von Aposteln wurde so bewundert, dass mehrere Kopien und Varianten in der Werkstatt von El Greco produziert wurden, und die Originale wurden zu geschätzten Besitztümern in spanischen Sammlungen.

Die ausdrucksvollen Gesichter und die verlängerten Formen in diesen Werken würden später als Markenzeichen von El Grecos spätem Stil angesehen werden. Hier fängt El Greco den Apostel Thomas im Moment des Zweifels und des Glaubens ein. Der Apostel, der dafür bekannt ist, Beweise für die Auferstehung Christi zu verlangen, wird mit einem suchenden Blick und einer Hand auf seiner Brust dargestellt – eine Anspielung auf die berühmte Szene, in der Thomas die Wunden Christi berührt. Die kantigen Züge des Heiligen und die wirbelnde Drapierung spiegeln die innere spirituelle Unruhe wider.

Der Hintergrund löst sich in Schatten auf und lenkt die Aufmerksamkeit des Betrachters auf Thomas' Gesicht und Geste. Im Gegensatz zu Caravaggios irdischem und körperlichem Die Ungläubigkeit des Thomas ist El Grecos Vision introspektiver, das Drama ist nach innen gerichtet, nicht nach außen. Die Reise des Gemäldes begann in Illescas, wo es jahrhundertelang neben den anderen Aposteln hing. Im Laufe der Zeit wurde die Serie verstreut, und Der Apostel Thomas fand seinen Weg in verschiedene private und öffentliche Sammlungen.

Wissenschaftler haben über die genaue Urheberschaft einiger Versionen debattiert, da die Werkstatt von El Greco oft enge Repliken produzierte, aber die ausdrucksvolle Pinselarbeit und die gewagte Farbe dieses Gemäldes kennzeichnen es als das Werk des Meisters. Heute bleibt es ein Schlüsselwerk zum Verständnis von El Grecos später Periode, als sein Stil seine persönlichste und visionärste Form erreichte.