En 1608, El Greco recibió el encargo de crear una serie de pinturas de los Apóstoles para la Iglesia del Hospital de la Caridad en Illescas, cerca de Toledo. Entre ellas, San Tomás Apóstol destaca por su intensidad e individualidad; ninguna de las figuras de la serie es igual, y cada una se presenta con una profundidad psicológica que era inusual para la época. Este conjunto de Apóstoles fue tan admirado que se produjeron varias copias y variantes en el taller de El Greco, y los originales se convirtieron en posesiones preciadas en colecciones españolas.

Los rostros expresivos y las formas alargadas de estas obras serían posteriormente considerados como características distintivas del estilo tardío de El Greco. Aquí, El Greco captura a San Tomás en el mismo momento de duda y fe. El apóstol, recordado por exigir pruebas de la resurrección de Cristo, es representado con una mirada inquisitiva y una mano presionada contra su pecho, aludiendo a la famosa escena en la que Tomás toca las heridas de Cristo. Las características angulosas del santo y la drapeada en espiral evocan la agitación espiritual interior.

El fondo se disuelve en sombras, enfocando la atención del espectador en el rostro y el gesto de Tomás. A diferencia de la terrenal y física La incredulidad de San Tomás de Caravaggio, la visión de El Greco es más introspectiva, con el drama dirigido hacia adentro en lugar de hacia afuera. El viaje de la pintura comenzó en Illescas, donde colgó junto a los otros Apóstoles durante siglos. Con el tiempo, la serie se dispersó, y San Tomás Apóstol encontró su camino hacia varias colecciones privadas y públicas.

Los estudiosos han debatido la autoría precisa de algunas versiones, ya que el taller de El Greco a menudo producía réplicas cercanas, pero la expresiva pincelada y el audaz color de esta pintura la marcan como obra de la mano del maestro. Hoy en día, sigue siendo una obra clave para entender el período tardío de El Greco, cuando su estilo alcanzó su forma más personal y visionaria.