Em 1608, El Greco foi encomendado a criar uma série de pinturas dos Apóstolos para a Igreja do Hospital de Caridade em Illescas, perto de Toledo. Dentre elas, São Tomás Apóstolo se destaca por sua intensidade e individualidade; nenhuma das figuras da série é igual, e cada uma é representada com uma profundidade psicológica que era incomum para a época. Este conjunto de Apóstolos foi tão admirado que várias cópias e variantes foram produzidas pela oficina de El Greco, e os originais se tornaram posses preciosas em coleções espanholas.

Os rostos expressivos e as formas alongadas dessas obras seriam posteriormente vistos como marcas registradas do estilo tardio de El Greco. Aqui, El Greco captura São Tomás no exato momento de dúvida e fé. O apóstolo, lembrado por exigir provas da ressurreição de Cristo, é retratado com um olhar investigativo e uma mão pressionada contra o peito, uma alusão à famosa cena em que Tomás toca as feridas de Cristo. As características angulosas do santo e a drapeada em espiral ecoam a turbulência espiritual interior.

O fundo se dissolve em sombras, focando a atenção do espectador no rosto e no gesto de Tomás. Ao contrário da terrena e física A Incredulidade de São Tomás de Caravaggio, a visão de El Greco é mais introspectiva, com o drama voltado para dentro, em vez de para fora. A jornada da pintura começou em Illescas, onde ficou pendurada ao lado dos outros Apóstolos por séculos. Com o tempo, a série foi dispersa, e São Tomás Apóstolo encontrou seu caminho em várias coleções privadas e públicas.

Os estudiosos debateram a autoria precisa de algumas versões, já que a oficina de El Greco frequentemente produzia réplicas próximas, mas a pincelada expressiva e a ousada cor desta pintura a marcam como a mão do mestre. Hoje, continua sendo uma obra-chave para entender o período tardio de El Greco, quando seu estilo alcançou sua forma mais pessoal e visionária.