En 1608, El Greco a reçu la commande de créer une série de peintures des Apôtres pour l'Église de l'Hôpital de la Charité à Illescas, près de Tolède. Parmi elles, Saint Thomas l'Apôtre se distingue par son intensité et son individualité ; aucune des figures de la série n'est semblable, et chacune est rendue avec une profondeur psychologique qui était inhabituelle pour l'époque. Cet ensemble d'Apôtres a été si admiré que plusieurs copies et variantes ont été produites par l'atelier de El Greco, et les originaux sont devenus des possessions précieuses dans les collections espagnoles.

Les visages expressifs et les formes allongées de ces œuvres seraient plus tard considérés comme des marques de fabrique du style tardif de El Greco. Ici, El Greco capture Saint Thomas au moment même du doute et de la foi. L'apôtre, connu pour avoir exigé une preuve de la résurrection du Christ, est représenté avec un regard scrutateur et une main pressée contre sa poitrine, une allusion à la célèbre scène où Thomas touche les blessures du Christ. Les traits anguleux du saint et le drapé tourbillonnant évoquent le tumulte spirituel intérieur.

L'arrière-plan se dissout dans l'ombre, concentrant l'attention du spectateur sur le visage et le geste de Thomas. Contrairement à la L'Incrédulité de Saint Thomas terreuse et physique de Caravage, la vision de El Greco est plus introspective, le drame étant tourné vers l'intérieur plutôt que vers l'extérieur. Le voyage de la peinture a commencé à Illescas, où elle a été accrochée aux côtés des autres Apôtres pendant des siècles. Avec le temps, la série a été dispersée, et Saint Thomas l'Apôtre a trouvé son chemin dans diverses collections privées et publiques.

Les chercheurs ont débattu de l'attribution précise de certaines versions, car l'atelier de El Greco produisait souvent des répliques proches, mais le coup de pinceau expressif et la couleur audacieuse de cette peinture marquent celle-ci comme étant de la main du maître. Aujourd'hui, elle reste une œuvre clé pour comprendre la période tardive de El Greco, lorsque son style a atteint sa forme la plus personnelle et visionnaire.