Peu de peintures de El Greco ont suscité autant de discussions parmi les historiens de l'art que Apôtre Saint Thomas, en grande partie parce que ses origines demeurent entourées d'incertitude. Contrairement à de nombreux portraits d'apôtres, qui ont été commandés en série pour les églises de Tolède, la date et le commanditaire de cette œuvre sont inconnus, et sa provenance avant le XXe siècle est encore débattue. Certains pensent qu'elle appartient à un cycle célèbre d'apôtres peints dans les dernières années de l'artiste, tandis que d'autres soutiennent qu'elle se présente comme une méditation unique sur le doute et la foi.

Cet air de mystère n'a fait qu'accroître son attrait pour les chercheurs et les visiteurs. La peinture capture Saint Thomas au moment de sa crise la plus célèbre : les conséquences de la résurrection du Christ, lorsque Thomas, absent lors de la première apparition, refuse de croire sans preuve physique. El Greco choisit de ne pas montrer le moment dramatique où Thomas touche les blessures du Christ, mais plutôt la pause tendue de contemplation qui précède la croyance. Le visage allongé de l'apôtre et ses yeux scrutateurs, rendus dans le style inimitable de l'artiste, transmettent à la fois scepticisme et désir.

Sa main droite flotte incertaine, comme si elle était prise entre le doute et l'acceptation, tandis que le coup de pinceau tourbillonnant et la lumière vacillante autour de sa tête signalent le tourment spirituel intérieur. Comparé à L'Incrédulité de Saint Thomas de Caravage, avec sa physicalité brute, l'approche de El Greco est introspective et psychologique, utilisant la forme et la couleur pour exprimer le drame de la foi. L'histoire physique de Apôtre Saint Thomas est aussi énigmatique que son sujet. Bien que de nombreux portraits d'apôtres de El Greco aient été créés pour l'Hôpital de Tavera ou la Cathédrale de Tolède, les premières localisations de cette peinture ne sont pas documentées, et elle n'a été attribuée à El Greco avec certitude qu'au XXe siècle.

Son style et sa palette suggèrent qu'elle a été peinte durant la période mature de l'artiste à Tolède, lorsqu'il explorait des formes de plus en plus expressives. Aujourd'hui, Apôtre Saint Thomas est reconnue comme un exemple clé de la portraiture religieuse tardive de El Greco, appréciée tant pour son art que pour les questions qu'elle continue de poser sur les intentions de l'artiste et le parcours de la peinture elle-même.