Aucun autre portrait de Francisco de Goya n'est enveloppé d'autant d'incertitude que Frère Juan Fernández de Rojas. L'identité du modèle est connue—le frère Juan était un moine capucin et un prédicateur renommé à Madrid—mais les circonstances de la commande, et même la date, restent insaisissables. Les chercheurs débattent depuis longtemps pour savoir si Goya a peint cette œuvre durant ses premières années à Madrid ou plus tard, lorsque sa réputation était solidement établie.

L'absence de signature et de toute correspondance survivante n'a fait qu'approfondir le mystère, faisant de la peinture une énigme fascinante pour les historiens et les passionnés de Goya. La toile capture le frère Juan dans un moment de réflexion tranquille, le regard baissé, les mains jointes sur un livre simple—probablement un bréviaire. Le coup de pinceau de Goya est direct et dépouillé, mettant en avant l'humilité du moine : la laine rugueuse de l'habit, la croix en bois simple à sa taille, et la lumière douce et diffuse qui tombe sur son visage marqué par le temps. Contrairement à la théâtralité que l'on trouve dans les représentations de saints par El Greco, Goya opte pour une profondeur psychologique, invitant le spectateur à contempler la vie intérieure du moine.

L'absence de gestes grandioses ou de couleurs dramatiques attire l'attention sur l'humanité du modèle, une caractéristique marquante du portrait chez Goya. Peu de choses sont connues sur l'histoire précoce de la peinture. Elle n'est pas répertoriée dans les inventaires contemporains ou les catalogues anciens des œuvres de Goya, ce qui suggère qu'elle a pu rester entre des mains privées, peut-être au sein de la communauté capucine. Ce n'est qu'au XXe siècle qu'elle a refait surface, moment où les experts ont commencé à l'attribuer à Goya sur des bases stylistiques.

Aujourd'hui, Frère Juan Fernández de Rojas est considéré comme un exemple significatif de l'intérêt de Goya pour les figures religieuses et le réalisme psychologique, bien que les questions entourant son origine continuent d'intriguer chercheurs et visiteurs.