Aucune autre œuvre de Caravaggio n'est aussi enveloppée de mystère que Jupiter, Neptune et Pluton. Peinte directement sur le plafond du laboratoire alchimique privé du cardinal Francesco Maria Del Monte à Rome vers 1599, c'est la seule peinture de plafond connue de l'artiste, et pendant des siècles, elle est restée cachée du regard du public. Le sujet, choisi pour un mécène fasciné par la science et l'occulte, était si inhabituel que les premiers visiteurs ont été laissés à deviner sa signification.

Même aujourd'hui, le médium de la peinture est débattu : certains suggèrent de l'huile sur plâtre, d'autres de l'huile sur stuc, ajoutant à son air d'énigme. Au centre de ce tableau mythologique, les trois frères—Jupiter, Neptune et Pluton—dominant les cieux, la mer et l'enfer. Caravaggio les capture dans un raccourci vertigineux, comme si les dieux eux-mêmes tombaient du plafond vers le spectateur. Jupiter brandit son éclair, Neptune tient son trident, et Pluton, accompagné de son chien à trois têtes Cerbère, fait un geste vers l'enfer.

La peinture est riche en symbolisme : l'aigle de Jupiter, l'hippocampe de Neptune et le Cerbère de Pluton renforcent chacun leurs dominions. Contrairement aux Olympiens sereins de Raphaël, les dieux de Caravaggio sont musclés, presque corporels, leurs corps modelés avec la lumière et l'ombre dramatiques qui deviendraient sa signature. Parce que Jupiter, Neptune et Pluton a été peint pour une pièce privée, il a échappé au destin de nombreuses commandes publiques et est resté largement inconnu jusqu'au XXe siècle. Son attribution à Caravaggio a été débattue pendant des années, car l'œuvre diffère de ses toiles les plus connues et a été exécutée sur une surface inhabituelle.

Aujourd'hui, elle est reconnue comme une expérience audacieuse d'un jeune artiste, mêlant mythe, science et technique de bravoure à l'aube du Baroque. La peinture réside toujours à son emplacement d'origine au Casino di Villa Ludovisi, Rome, un rare survivant à la fois du temps et du secret.