Poche opere di El Greco hanno ispirato tanto dibattito accademico quanto San Francesco e il Fratello Leone che medita sulla morte. Nel corso dei secoli, esperti hanno discusso se quest'opera sia un originale dello stesso El Greco o una collaborazione con il suo atelier, una questione complicata dall'esistenza di più versioni dello stesso soggetto sparse nelle collezioni europee. Tuttavia, l'intensità del suo clima e la gestione idiosincratica della luce e della forma sono segni distintivi dello stile maturo di El Greco, risalente a circa il 1600, quando si trovava al culmine delle sue capacità creative a Toledo. Nel cuore della pittura, El Greco sceglie il momento in cui San Francesco, il modesto frate di Assisi, contempla un teschio—un simbolo antico della mortalità—mentre il Fratello Leone si inginocchia accanto a lui in preghiera silenziosa.

Il volto emaciato di Francesco e le sue mani allungate, rese con la caratteristica distorsione espressiva di El Greco, parlano di un'anima che lotta con i misteri della morte e della salvezza. Il forte contrasto tra i volti luminosi, quasi ultraterreni, e lo sfondo profondo e ombreggiato attira lo spettatore nel dramma della riflessione spirituale. Il teschio, delicatamente sorretto nelle mani di Francesco, non è solo un memento mori, ma un invito all'umiltà e alla preparazione per l'aldilà—un tema che El Greco tratta con maggiore intensità psicologica rispetto, ad esempio, al più contenuto e meditativo San Francesco in meditazione di Zurbarán. Le origini precise di questo dipinto rimangono in parte oscure, come spesso accade con i commissioni religiose di El Greco della fine del XVI e dell'inizio del XVII secolo.

Sebbene l'identità del suo primo mecenate sia sconosciuta, è probabile che l'opera fosse destinata a un monastero francescano o a una cappella privata, riflettendo la fascinazione dell'epoca per la devozione personale e la contemplazione della morte. Nel corso dei secoli, San Francesco e il Fratello Leone che medita sulla morte è passato di mano in mano, e la sua attribuzione è stata rivisitata man mano che nuove ricerche e analisi tecniche sono emerse. Oggi è riconosciuto come una testimonianza convincente della visione unica di El Greco—una che continua a sfidare e affascinare sia studiosi che visitatori.