Nessun altro artista ha dipinto San Francesco così spesso—o in modo così intimo—come El Greco. Nel corso della sua carriera, El Greco è tornato al modesto frate più di trenta volte, reinterpretando ogni volta gli incontri mistici del santo. L'opera San Francesco d'Assisi e il Fratello Leone in Meditazione del 1602 si distingue tra queste per la rara inclusione del Fratello Leone, il devoto compagno di Francesco, e per il suo silenzio meditativo, che si allontana dalle drammatiche estasi viste in molte altre rappresentazioni.

Gli studiosi discutono ancora se questa versione sia stata dipinta per un patrono specifico o come parte di una serie per la devozione privata, ma il suo clima contemplativo suggerisce che fosse destinata alla riflessione piuttosto che all'esposizione pubblica. Nel cuore della pittura, San Francesco è in ginocchio in preghiera, con lo sguardo rivolto verso il cielo, le mani incrociate sul petto in un gesto di umiltà e resa. Accanto a lui, il Fratello Leone siede in silenzio, con la testa china, incarnando il ruolo di testimone e supporto spirituale. L'abito marrone ruvido, il teschio ai piedi di Francesco e il paesaggio desolato parlano degli ideali di povertà e mortalità che hanno plasmato la spiritualità francescana.

La luce cade drammaticamente sul volto di Francesco, isolandolo in un momento di comunione mistica, mentre Leone rimane nell'ombra, enfatizzando la natura solitaria della visione di Francesco. A differenza del sereno San Francesco nel Deserto di Giovanni Bellini, la versione di El Greco è carica di energia inquieta, le forme allungate e la pennellata vorticosa intensificano il senso di ricerca spirituale. Il percorso di questo dipinto è meno documentato rispetto a quello di alcuni dei grandi altari di El Greco. È probabile che sia rimasto a Toledo, dove l'artista trascorse i suoi ultimi decenni, e potrebbe essere appartenuto a una comunità francescana o a un collezionista privato devoto al santo.

Nel corso del tempo, la sua attribuzione non è mai stata seriamente messa in discussione, poiché lo stile distintivo—figure allungate, luce tremolante—lo contrassegna inconfondibilmente come El Greco. Oggi, San Francesco d'Assisi e il Fratello Leone in Meditazione è riconosciuto come un'opera tarda, che riflette il crescente interesse dell'artista per l'esperienza mistica e la devozione personale, e continua a invitare gli spettatori nel tranquillo dramma della ricerca spirituale.